España y sus aliados gozaron del dominio del mar, que les permitió llevar a cabo acciones que contribuyeron a la victoria final: mantener abiertas las líneas de comunicaciones marítimas; abastecer a sus tropas por mar; transportarlas de unos puertos a otros; efectuar evacuaciones rápidas; hostigar las costas enemigas; minimizar los efectos de bloqueos terrestres de zonas costeras; y neutralizar las actividades navales enemigas.
En estas acciones la Armada española, aliada con la británica, hasta hacía poco su enemiga, intervino con barcos de mediano y pequeño porte: fragatas, bergantines, lanchas cañoneras –que protagonizaron grandes intervenciones- y embarcaciones menores, ya que los problemas arrastrados desde antes del combate de Trafalgar, acentuados tras dicho combate y profundizados en los años siguientes, no permitieron utilizar los navíos más que en muy contadas ocasiones. Y fue esta situación la que propició que muchos hombres de la Armada participaran en operaciones en tierra integrados en unidades regulares, formando agrupaciones o en guerrillas.
La Armada se encontraba en una lamentable situación cuando el dos de mayo de 1808 España empezó a escribir uno de los capítulos más gloriosos y más trágicos de su historia, al levantarse contra los franceses, hasta hacía poco aliados, y responder con todo su espíritu utilizando los barcos disponibles, armando unidades auxiliares, y desplegando a su personal en frentes alejados de la mar, donde cumplieron con su deber a pie, a caballo, en trincheras, en campo abierto o en guerrillas.
EL COMIENZO
Ya antes del levantamiento, en febrero de 1808, Cayetano Valdés se había negado a cumplir las órdenes de Napoleón, y en lugar de llevar a Tolón los barcos de su mando, los trasladó a Mahón. El 2 de mayo de 1808, una compañía de granaderos de Marina se batió en Madrid. Y en la redacción del bando del alzamiento que siguió a la revuelta de Madrid intervino Juan Pérez Villamil, auditor general del Almirantazgo, con el alcalde de Móstoles. A partir de entonces y hasta el fin de la guerra en 1814, se producen una serie de acciones en las que intervino la Armada, que paso a citar de forma muy resumida y casi telegráfica.
La Armada, con el apoyo de cañoneras y baterías de costa, obtiene la primera victoria en Cádiz al tomar la escuadra francesa de Rosily (junio de 1808), que continuaba en puerto desde Trafalgar. Son cinco navíos y una fragata en buen estado, que tras el combate habían sido reparados a costa de repuestos españoles; sus armas las usan los defensores de Cádiz y los voluntarios de Bailén (julio). Napoleón había enviado a Dupont con tropa para enlazar con Rosily, pero al caer la escuadra se retira. En Vigo es apresado el navío francés Atlas, y las fragatas Magdalena y Venganza intervienen en la defensa de Santander. En julio entra en Madrid el rey José Bonaparte, que organiza un Ejército de Tierra pero no tiene barcos donde arbolar su bandera. En julio son transportados de Baleares a Cataluña 4.600 hombres de la división del Marqués de Palacio, que refuerzan la zona donde barcos ingleses y faluchos españoles hostigan a los franceses. En agosto, el navío San Justo transporta azogue a América. Comienza la defensa de Rosas con varios desembarcos, pero a finales del año cae en manos francesas. Llegan por mar fuerzas aliadas inglesas sin encontrar oposición. En julio llega Spencer (casi 45.000 hombres), en agosto Wellesley (futuro Lord Wellington, con unos 9.000), Anstruther y Ackland (5.000) y Moore (11.300), y llegan más en septiembre hasta reunir unos 50.000 combatientes, que con fuerzas portuguesas consiguen las primeras victorias. Y las tropas del Marqués de la Romana llegan en octubre a Santander, procedentes de Dinamarca.
En noviembre Napoleón entra en España con un fuerte ejército y derrota a sus oponentes, que a principios de 1809 se retiran por mar desde Galicia; por Vigo las fuerzas ligeras, y por Coruña el grueso del ejército de Moore tras ser derrotado en Elviña (enero), donde muere el general inglés. Galicia cae en manos francesas, pero el dominio del mar permite a los aliados reconquistarla. En marzo se recupera Vigo, y en el Puente de Sampayo las fuerzas terrestres y las lanchas cañoneras españolas cortan la llegada de refuerzos enemigos. En abril se recupera Ferrol, donde Mazarredo, ministro de José I, había impedido que los barcos fueran llevados a Francia. Se mantiene las comunicaciones por mar. En febrero, el navío San Justo transporta de América a Cádiz personal, caudales y otras mercancías. En mayo, el navío Montañés lleva prisioneros franceses a Canarias y en agosto caudales y pertrechos a Ferrol. En verano, el navío Príncipe de Asturias transporta de Ferrol a Cádiz artillería y municiones. En el Cantábrico siguen los golpes de mano desde la mar. En el Mediterráneo se mantiene el bloqueo por mar de la costa catalana, y se refuerzan otras guarniciones. Y para complicar aún más la situación, comienzan las primeras sublevaciones de las colonias en América.