Se encuentran en el entorno de una amplia zona rica en yacimientos arqueológicos, como los de El Agujero y La Guancha, en la costa galdense, o los emplazamientos mucho más cercanos del Barranco del Hospital y Huerta del Rey, lugar éste último en el que también existían cuevas artificiales pintadas, todo ello como parte del poblado aborigen de Agaldar.

En la Cueva Pintada se localizaron, en el momento del hallazgo, algunos cadáveres, vasijas y otros vestigios arqueológicos. Entre ellos pequeños idolillos evocadores de la fertilidad y pintaderas con esquematizaciones presumiblemente astrales, aunque lo que llamó rápidamente la atención de historiadores, viajeros y lugareños fueron las pinturas con las que aparecían decoradas sus paredes. Se trataba de una decoración singular, con vívidas formas geométricas que terminarían por dar nombre a un conjunto arqueológico para el que se han arrojado dataciones por carbono 14 que van del siglo VI hasta el siglo XVI, conquistada ya la isla.

Desde entonces la fortuna no parece haber acompañado al emplazamiento más importante de la prehistoria de Gran Canaria, de cuya dimensión mágico-religiosa pocos dudan. El techo de las cavernas fue levantado y su interior relleno de tierra, usándose el lugar para cultivos que perjudicaron seriamente la conservación de su decoración. Durante décadas, el estiércol y los cerdos también fueron inquilinos de lo que antaño, según la opinión más generalizada, fuera un lugar de culto y espiritualidad aborigen.

Las cosas comenzaron a cambiar para bien en 1970, cuando se inició la primera campaña seria de trabajo y las labores de protección. Tres ídolos, varios sellos pintaderas de arcilla y cerámica aparecen en el lugar, que dos años después, en 1972, fue declarado Monumento Nacional. Desde entonces, las labores de restauración y las excavaciones se han sucedido, proporcionando datos sorprendentes que no dejan de asombrar a los investigadores.

La sala principal, en la que mejor se han conservado las pinturas gracias a que su techo no pudo ser levantado, tiene forma rectangular; la pared derecha mide 4 metros de largo (algo más la de la izquierda) y 4,90 m. la del fondo, y ambas están separadas de un techo plano a una altura de 4 m.